Oprogramowanie dla mikrobiologii

Oprócz mikroskopów i płytek Petriego, komputery są nieodzownym narzędziem mikrobiologów. Oprogramowanie do badań mikrobiologicznych obejmuje zarówno narzędzia używane w innych dziedzinach nauki i inżynierii, jak i specjalistyczne aplikacje do badania bakterii oraz innych mikroorganizmów. Wiele programów opracowanych przez agencje rządowe, fundacje non‑profit oraz ośrodki akademickie jest dostępnych bezpłatnie do pobrania i wykorzystania w zależności od potrzeb eksperymentu lub laboratorium.

Narzędzia wizualizacji

Obrazowa prezentacja surowych danych pomaga lepiej ocenić ich jakość, znaczenie i konsekwencje. Dostępne są zarówno otwarte, jak i komercyjne programy do wizualizacji danych w mikrobiologii. Twórz wykresy i diagramy przy pomocy LibreOffice Calc, Microsoft Excel lub systemu Mondrian. Aplikacje Cell‑O i RasMol umożliwiają tworzenie dwuwymiarowych i trójwymiarowych modeli molekuł biologicznie istotnych, takich jak białka i aminokwasy.

Modelowanie matematyczne

Duże zbiory danych mikrobiologicznych zyskują na wartości po przeprowadzeniu analizy numerycznej. Pakiety takie jak MATLAB, Octave i SciPy służą do matematycznej optymalizacji, analizy i modelowania danych. Umożliwiają szacowanie parametrów metodą dopasowywania krzywych, prognozowanie epidemiologiczne, symulacje wzrostu bakterii oraz eliminację szumów i efektów stochastycznych. Pakiety te wykonują także obliczenia statystyczne, np. analizę wariancji czy testy chi‑kwadrat.

Bioinformatyka genomowa

Aplikacje mikrobiologiczne wspierają wizualizację i analizę sekwencji kwasów nukleinowych tworzących DNA mikroorganizmu. Open Bioinformatics Foundation udostępnia darmowe, otwarte programy do sekwencjonowania i analizy DNA, takie jak BioJava i Biopython, które pobierają dane z baz genomowych, parsują kod DNA organizmu i porównują go z innymi próbkami. Dodatkowe pakiety do analizy genomu to EMBOSS, HMMER, Clustal Omega, Phylogeny Inference Package, PHYLIP oraz Sequence Manipulation Suite (SMS).

Oprogramowanie referencyjne

Szybki postęp w mikrobiologii oraz zmieniające się przepisy wymagają stałego dostępu do aktualnych informacji. HUGO to komercyjny system, który dostarcza danych o narzędziach, chemikaliach, sprzęcie, podłożach hodowlanych, wymogach bezpieczeństwa, nowych organizmach, zmianach taksonomicznych i antybiotykach. Mikrobiolodzy zajmujący się żywnością mogą korzystać z aplikacji internetowej ComBase Browser, aby uzyskać dostęp do danych mikrobiologicznych związanych z żywnością, udostępnianych przez agencje rządowe Wielkiej Brytanii, Australii i Stanów Zjednoczonych.